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AB252766 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; END; BEGIN ASSUMPTIONS; EXSET * UNTITLED = ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N:, 1: 1-1678\3, 2: 2-1676\3, 3: 3-1677\3; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN SETS; END; BEGIN MRBAYES; set precision = 15; set scientific=Yes; set autoclose=yes; set nowarnings=yes; lset coding = all; lset Nst= 6; lset Nucmodel= 4by4; lset Rates= invgamma; lset Nbetacat= 5; lset Covarion = Yes; prset pinvarpr = uniform(0.0,1.0); prset ratepr = fixed; prset statefreqpr = dirichlet(1.0); prset revmatpr = dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0); prset ratecorrpr = uniform(-1.0,1.0); prset covswitchpr = uniform(0.0,100.0); prset Tratiopr = beta(1.0, 1.0); prset brlenspr = unconstrained:exponential(10.0); report Siterates=No; report revmat=dirichlet; mcmc ngen=10000 nruns=2 nchains=4 temp=0.200 swapfreq=1 nswaps=1 samplefreq=1000 mcmcdiagn=Yes minpartfreq=0.1 allchains=No relburnin=Yes burnin=0 burninfrac=0.25 stoprule=Yes starttree=random stopval=0.005 Savebrlens=Yes nperts=0 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