infile_test.nex.txt (115996 bytes)
#NEXUS
BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=67 NCHAR=1672;
FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?;
MATRIX
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KY855537 agtcatatgcttgtctcaaagattaacccatgcatgtgtaagtatagt-atctacagcgaaactgcgaatggctcattaaatcagttatagtttatttgatggattcagatatggataaccgtagtaattctagagctaatacatgcttgaaagcccaactcacgaagggctgcatttattagataaagccagcatttaggtgattcataataacttagcggatcgcggattt--tctgcgatatatcattcaagtatctgccctatcagctctgatggtagtgtattggactaccatggcttttacgggtaacggagaattagggttcgattccggagaaagagcctgagaaacggctattacatctaaggacggcagcaggggcgtaaattacccaatcttaatttaaggaggtagtgacaagaaatatcgacattggagcaatccaagatcggaatgggcttaatttaaatccctaagtgagtaaccattggagggcaagtctggtgccagcagccgcggtaattccagctccaatagcgtatattaaagttgttgcagttaaaaagctcgtagttggaaatctggagtgccggct-ttgggctatcgtccaaggtttggtatttccatccttctgttaactcaagttaccg--caaggtcgcttgggggctcagatattttaccttgagaaaattagagtgtttcaggcaggcaaggccagaatactacagcatggaataatagaattgacgcaactctgtggttggccagagaagtgtaatgattaataggaacagttgggggcattagtatttaattgtcagaggtgaaattcttggatttgttaaagactaactaaagcgaaagcatttgccaaggatgttttcattaatcaagaacgaaagttaggggatcaaagacgatcagataccgtcgtagtcttaaccataaacgatgccgactagagatcggaggagattatcgagctccttcgggatcataggagaaatcaaagtctttgggttctggggggagtatggtcgcaaggctgaaacttgaaggaattgacggaagggcaccaccaggagtggagcctgcggcttaatctgactcaacacggagaaatttaccaggtccagacattggcaggattgacagattgatagctctttcttgattctatgggtggtggtgcatggccgttcttagttggtggagtgatttgtctggttaattccgataacgaacgagaccttaacctactaactagatctcttagctattgctatgggctacttcttagagggactgtgtggtaaaacctcaaggaagtttaaggcaataacaggtctgtgatgcccttagatgtcctgggccgcacgcgtgctacactgatgcatgcaataagtacctaggccgaaaggcattgggtaatctccagtatgcatcgtgcttgggatagatctttgtaattatggatctttaacgaggaattcctagtaagcgtaagtcatcagcttgcgctgattaagtccctgccctttgtacacaccgcccgtcgctcctaccgatttcgggtgattcggtgaaccttttggacttgccaaaagcgaggaaatcaagtgaaccatatcacctagaggaaggagaagtcgtaacaaggtttcc
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;
END;
BEGIN ASSUMPTIONS;
EXSET * UNTITLED = ;
END;
BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions =
N:,
1: 1-1678\3,
2: 2-1676\3,
3: 3-1677\3;
CODESET * UNTITLED = Universal: all ;
END;
BEGIN SETS;
END;
BEGIN MRBAYES;
set precision = 15;
set scientific=Yes;
set autoclose=yes;
set nowarnings=yes;
lset coding = all;
lset Nst= 6;
lset Nucmodel= 4by4;
lset Rates= invgamma;
lset Nbetacat= 5;
lset Covarion = Yes;
prset pinvarpr = uniform(0.0,1.0);
prset ratepr = fixed;
prset statefreqpr = dirichlet(1.0);
prset revmatpr = dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0);
prset ratecorrpr = uniform(-1.0,1.0);
prset covswitchpr = uniform(0.0,100.0);
prset Tratiopr = beta(1.0, 1.0);
prset brlenspr = unconstrained:exponential(10.0);
report Siterates=No;
report revmat=dirichlet;
mcmc ngen=10000 nruns=2 nchains=4 temp=0.200 swapfreq=1 nswaps=1 samplefreq=1000 mcmcdiagn=Yes minpartfreq=0.1 allchains=No relburnin=Yes burnin=0 burninfrac=0.25 stoprule=Yes starttree=random stopval=0.005 Savebrlens=Yes nperts=0 Ordertaxa=Yes;
sump burnin=10 relburnin=Yes burninfrac=0.25 nruns=2;
sumt burnin=10 relburnin=Yes burninfrac=0.25 nruns=2 ntrees=1 minpartfreq=0.05 contype=Allcompat conformat=Figtree;
END;